Blockveranstaltung Expressionsdatenanalyse (SS 2008)

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Bioinformatik Programmierpraktikum
• Genomorientiertes Programmierpraktikum

In diesem Fortgeschrittenen-Seminar/Praktikum werden moderne Softwareplattformen und Methoden für die Expressionsdatenanalyse vorgestellt und auf aktuelle Datenstze aus der Medizin- und Pharmaforschung angewendet.

Der Kurs basiert auf dem BioConductor Course und dem Statistikpaket R. Zusätzlich werden weitere Bioinformatiktools zur funktionalen und Netzwerkanalyse eingesetzt und ausgetestet.
Dabei werden Standardmethoden zur Daten-Präprozessierung, und -Normalisierung, Bestimmung differentiell regulierter Gene, zum Vergleich verschiedener Datensätze und Clustering von Genen und Proben, sowie LDA/PCA benutzt und verschiedene Tools für die einzelnen Schritte evaluiert.
Im Rahmen der Veranstaltung soll ein funktionsfähiges Analysesystem für die eigene praktische Arbeit aufgebaut werden. Schliesslich soll das aufgebaute System zur Analyse eines konkreten aktuellen Expressionsdatensatzes aus der Forschung angewendet werden und in einem wissenschaftlichen Bericht beschrieben werden.

Die Veranstaltung hat drei Teile:

1. Seminar- und Methodenteil
2. Implementierung der Werkzeuge und Realisierung einer Analyse Workbench
3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Berichts bzw. Papers

Alle Teile werden in Kleingruppen unter Betreuung eines Assistenten durchgeführt.

Die Vorbereitung der Vorträge sollte sich hauptsächlich auf das Verständnis/Einarbeitung in die entsprechenden Themengebiete konzentrieren. Die Darstellung in Form von Vortragsfolien sollte natürlich auch nicht zu kurz kommen. Hier können bestehende Resourcen (z.B. auf dem Web verfügbare Vorträge) mitverwendet werden.
Um sich in die Themengebiete einzuarbeiten stehen diverse Bücher über Genexpressionsdaten in unserer Bibliothek, Amalienstrasse 17, 4OG bereit. Andererseits sollen auch Publikationen erarbeitet werden.
Die Einarbeitung in das Thema, Vorbesprechung, Vortrag etc. soll nach dem Schema ablaufen, das auch für Hauptseminare gilt, wobei der Teil Ausarbeitung entfällt. Insbesondere wird erwartet, dass die Teilnehmer mindestens einen Termin zur Vorbesprechung mit den jeweiligen Betreuern vereinbaren. Diese Vorbesprechung soll spätestens 1 Woche vor dem Vortrag stattfinden, und die Referenten sollen sich bis dahin in das Thema eingearbeitet haben und Folien für den Vortrag (nahezu) vollständig mitbringen. Wenn es Fragen zur Vorbereitung oder zum Verständnis gibt, sollten die Referenten zusätzliche Termine vereinbaren.

Einführung und Grundlagen:

17.04.	Einführung I: Expressionsdatenanalyse Microarray-Technologie und Datenanalyse Referenten: Ralf Zimmer, Robert Küffner	Download freischalten
24.04.	Einführung in Workflows WFS tutorial Referent: Tobias Petri	Download freischalten
01.05.	Feiertag
08.05.	Vorstellung der Konzepte Referenten: Teilnehmer

Methoden:

15.05.	Data preparation: Normalisation Data preprocessing Referenten: Anton Thomma, Florian Goebels
27.05. 14ct 4OG	Basic analyses: Clustering Detection differentially regulated genes Extra Material (Anja von Heydebreck) Classification Referenten: Konstantin Azadov, Ludwig Geistlinger, Serghei Novojilov
29.05. 14ct 4OG	Advanced analyses: Gene ontology analyses Gene set enrichment analysis Referenten: Thomas Engleitner, Philipp Eser

Praktikumsberichte:

Anton Thomma	fehlt
Florian Goebels	Comparison of preprocessing methods for the hgU133+2 chip from Affymetrix
Konstantin Azadov	Clusteranalyse von Genexpressionsdaten
Ludwig Geistlinger	Detection of differentially regulated genes: Differential Co-Expression, Stouffer Merge and Time Course Analysis
Serghei Novojilov	Classification of Microarray Data
Thomas Engleitner	Enrichment analysis of GO terms, KEGG pathways and miRNAs by using the hypergeometrical distribution
Philipp Eser	fehlt

Allgemein

BioConductor Course
Affymetrix white papers