Praktikum Genomorientierte Bioinformatik (WS 2007/08)

Das Praktikum gliedert sich in drei Teile, die jeweils in Projektteams bearbeitet werden: Vorlesungsteil, Seminarteil, Projektarbeit.

Im Vorlesungsteil werden Methoden der Softwareentwicklung am Beispiel von am Lehrstuhl verwendeten Softwarepaketen eingefhrt, fortgeschrittene Alignmentmethoden und Methoden zur Homologieerkennung erlutert, sowie hufig verwendete Evaluationsmethoden im Bereich der strukturellen Bioinformatik vorgestellt.

Im zweiten Teil des Praktikums werden in einem Seminarteil die wichtigsten Methoden, Programme, Datenbanken in Teams erarbeitet, die sich in den vergangenen CASP und CAFASP Assessments bewertet haben. Ziel ist hier einen berblick ber gngige Methoden zu bekommen sowie erfolgreiche Verfahren zu verstehen und fr die Projektarbeit nutzbar zu machen.

Beide Teile (Vorlesungs- und Seminarteil) werden durch praktische bungen begleitet, in denen die vorgestellten Techniken in der Praxis verwendet werden sollen.

In der dritten Phase dient die Projektarbeit dazu, einen funktionsfhigen und effizienten CASP/CAFASP Server inklusive der Bewertungs und Visualisierungskomponenten zu implementieren und anhand realistischer Beispiele genomischer Regionen und Proteinsequenzen zu evaluieren.

• Blatt 1 (bis am 01.11.2007)
• Blatt 2 (bis am 15.11.2007)
• Blatt 3 (bis am 06.12.2007), Testset: Sequenzen, Proteinstrukturfiles
• Projekte für Projektphase