Hauptseminar Bioinformatik (WS 2008/09)

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Aktuelle Hinweise

Die erste Vorbesprechung ist spätestens drei Wochen vor dem Vortragstermin mit dem jeweiligen Betreuer zu halten. Ein Folienentwurf soll hier bereits vorliegen. Die fertigen Folien müssen eine Woche vor dem Vortrag vorgelegt und besprochen werden. Anderenfalls kann kein Vortrag mehr gehalten werden.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Betreuer:

Zeit und Ort:

12-14

Amalienstr. 17, A105

Beschreibung:

Dieses Hauptseminar beschäftigt sich mit aktuellen Problemen und Fragestellungen der Bioinformatik. Dazu werden aktuelle Veröffentlichungen aus verschiedenen Themenbereichen herangezogen. Ziel ist eine detailierte und kritische Auseinandersetzung mit den in wissenschaftlichen Publikationen vorgestellten Methoden und Ergebnissen. Aus diesem Grund wird sich jeder Vortrag in diesem Hauptseminar mit jeweils mindestens zwei aktuellen Publikationen befassen mit dem Ziel die darin vorgestellten Ansätze, Methoden und Ergebnisse einer kritischen Evaluation zu unterziehen.

Themen und Einteilung

Themenblock: Complex Networks

Datum: 27. 10.	Student/Studentin: Zhou Thema: PPI Network Topology Paper: Paper 1 Han, J. J.; Dupuy, D.; Bertin, N.; Cusick, M. E., Vidal, M. Effect of sampling on topology predictions of protein-protein interaction networks. Nat Biotechnol, 2005, 23, 839-44 Paper 2 Friedel, C. C., Zimmer, R. Inferring topology from clustering coefficients in protein-protein interaction networks. BMC Bioinformatics, 2006, 7, 519 Betreuer: Caroline Friedel
Datum: 3. 11.	Student/Studentin: Badbanchi Thema: Protein Complexes Paper: Paper 1 Pu, S.; Vlasblom, J.; Emili, A.; Greenblatt, J., Wodak, S. J. Identifying functional modules in the physical interactome of Saccharomyces cerevisiae. Proteomics, 2007, 7, 944-960 Paper 2 Friedel, C.C.; Krumsiek, J.; Zimmer, R.. Bootstrapping the Interactome: Unsupervised Identification of Protein Complexes in Yeast. RECOMB 2008, LNBI 4955. Betreuer: Caroline Friedel
Datum: 10. 11.	Diskussion: Complex Networks Paper: Paper 1 Royer, L., Reimann, M., Andreopoulos, B., Schroeder, M. Unraveling protein networks with power graph analysis. PLoS Comput. Biol., 2008, 4, e1000108 Paper 2 Bandyopadhyay, S., Kelley, R., Krogan, N. J., Ideker, T. Functional maps of protein complexes from quantitative genetic interaction data. PLoS Comput Biol, 2008, 4, e1000065.

Themenblock: Alternative Splicing

Datum: 17. 11.	Student/Studentin: Nissen Thema: The influence of alternative splicing on protein structures Paper: Paper 1 Birzele F, Csaba G, Zimmer R. Alternative splicing and protein structure evolution. Nucleic Acids Res. 2008 Feb;36(2):550-8 Paper 2 Michael L. Tress et al. The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Mar 27;104(13):5495-500. Betreuer: Fabian Birzele
Datum: 24. 11.	Student/Studentin: Kaufmann Thema: The regulatory code of alternative splicing Paper: Paper 1 Matthew Fagnani et al. Functional coordination of alternative splicing in the mammalian central nervous system Genome Biology 2007, 8:R108 Paper 2 Zefeng Wang and Christophar B. Burge, Splicing regulation: From a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code RNA 2008, 14:802-813 Betreuer: Fabian Birzele
Datum: 1. 12.	Diskussion: Novel developments in the analysis of alternative splicing: Splicing and Disease Paper: Paper 1 Mariano Garcia-Blanco et al., Alternative Splicing in disease and therapy, Nature Biotechnology, 2004, Volume 22, Number 5, 535-546 Paper 2 Eric T. Wang et al., Alternative Isoform regulation in human tissue transcriptomes, 2008, Nature

Themenblock: Expression data analysis and text-mining

Datum: 8. 12.	Student/Studentin: Bräuer (Handout, Folien) Thema:Extraction of molecular interactions from the biomedical literature Paper: Paper1 Kim, S., Yoon, J. and Yang, J. (2008) Kernel approaches for genic interaction extraction. Bioinformatics 24(1):118-126 Paper2 Fundel K, Küffner R, Zimmer R (2007) RelEx--relation extraction using dependency parse trees. Bioinformatics. Feb 1;23(3):365-71. Betreuer: Robert Küffner
Datum: 15. 12.	Student/Studentin: Strache (Handout, Folien) Thema:Analyzing large scale expression data with biological processes Paper: Paper1 Lee HK, Braynen W, Keshav K, Pavlidis P. (2005) ErmineJ: Tool for functional analysis of gene expression data sets. BMC Bioinformatics 6(1):269. Paper2 Küffner R, Fundel K, Zimmer R. (2005) Expert knowledge without the expert: integrated analysis of gene expression and literature to Bioinformatics. Sep 1;21 Suppl 2:ii259-67 Betreuer: Robert Küffner
Datum: 15. 12.	Diskussion: (Combined Expression data and Network analysis) Paper: Sharan R, Ulitsky I, Shamir R. Network-based prediction of protein function. Mol Syst Biol. 2007;3:88. Epub 2007 Mar 13

Themenblock:Systems Biology

Datum: 12. 1.	Student/Studentin: Achten (Ausarbeitung) Thema: Analysis of Metabolic Networks Paper: Paper 1 Klamt S, Stelling J. Two approaches for metabolic pathway analysis? Trends Biotechnol. 2003 Feb;21(2):64-9. Paper 2 Zevedei-Oancea I, Schuster S. Topological analysis of metabolic networks based on Petri net theory. In Silico Biol. 2003;3(3):323-45. Paper 3 Koch I, Junker BH, Heiner M. Application of Petri net theory for modelling and validation of the sucrose breakdown pathway in the potato tuber. Bioinformatics. 2005 Apr 1;21(7):1219-26. Epub 2004 Nov 16. Betreuer: Lukas Windhager
Datum: 19. 1.	Student/Studentin: Hecht (Ausarbeitung, Folien, Handout) Thema: Modelling of Signal Transduction Pathways Paper: Paper 1 Li C, Ge QW, Nakata M, Matsuno H, Miyano S. Modelling and simulation of signal transductions in an apoptosis pathway by using timed Petri nets. J Biosci. 2007 Jan;32(1):113-27. Erratum in: J Biosci. 2007 Jun;32(4):805. Paper 2 Breitling R, Gilbert D, Heiner M, Orton R. A structured approach for the engineering of biochemical network models, illustrated for signalling pathways. Brief Bioinform. 2008 Sep;9(5):404-21. Epub 2008 Jun 23. Paper 3 Aldridge BB, Burke JM, Lauffenburger DA, Sorger PK. Physicochemical modelling of cell signalling pathways. Nat Cell Biol. 2006 Nov;8(11):1195-203. Betreuer: Lukas Windhager
Datum: 26. 1.	Diskussion: Systems Biology Paper: Paper 1 Schlitt T, Brazma A. Current approaches to gene regulatory network modelling. BMC Bioinformatics. 2007 Sep 27;8 Suppl 6:S9. Paper 2 Feist AM, Palsson BO. The growing scope of applications of genome-scale metabolic reconstructions using Escherichia coli. Nat Biotechnol. 2008 Jun;26(6):659-67.

Material

Folien zur Vorbesprechung: 080729_HS_Vorbesprechung.pdf

Literatur

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