Algorithmen auf Sequenzen (WS 2015/16)

Lernergebnis: Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für einen algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische Komplexitäat des Problems zu bestimnmen und einzuordnen, Algorithmen für die Lösung zu entwerfen und zu analysieren.

Themen: Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

• Optimal Scoring Subsequences
• Suffix-Trees Revisited
• Repeats
• Interludium: LCA-Queries und RMQ
• Suffix-Arrays
• Genome Rearrangements

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Die Modulprüfung besteht, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht, in den Übungen vorrechnet und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet als Semestralklausur statt.
Die Zusammenarbeit und Abgabe von bis zu 2 Personen ist erlaubt. Dabei ist zu beachten, dass beide in den Übungen in der Lage sein müssen, die gemeinschaftlich erarbeitete Lösung an der Tafel vorzustellen.
Wer die Modulprüfung ablegen will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 21. Oktober. anmelden.
Die Klausur findet am Freitag, den 12. Februar 2016 statt.
Die Wiederholungsklausur findet am 13. April um 9:45 im Raum 406 in der Amalienstr. 17 statt.

Das bestehende Skript wird vorlesungsbegleitend aktualisiert.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette: Combinatorics of Genome Rearrangements, MIT Press, 2009.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2015.
• S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
• E. Ohlebusch: Bioinformatics Algorithms, Oldenbusch Verlag, 2013.
• Sowie Originalliteratur (siehe Skript).