Hauptseminar Bioinformatik: Succincte Datenstrukturen in der Bioinformatik (WS 2016/17)

Thema des Hauptseminars sind so genannte succincte Datenstrukturen und ihre Anwendungen. Succincte Datenstrukturen sind besonders platzeffiziente Datenstrukturen, die mit einem geringem Platzbedarfs nahe des informationstheoretischen Minimums auskommen. Hier werden einige solche Datenstrukturen und deren sinnvoller gemeinsamer Einsatz vorgestellt, wobei die Komponenten des Extended Suffix Arrays einen breiteren Raum einnehmen werden. Die genauen Themen und die Literaturliste werden noch erstellt.

Mit Vorbesprechung ist in der folgenden Terminliste der letztmögliche Termin für die Vorbesprechung gemeint. Wer sich bis dahin nicht mit seinem Betreuer in Verbindung gesetzt hat, kann keinen Vortrag mehr halten.

21.07.16	Volker Heun Kickoff
17.10.16	Volker Heun Einführungsveranstaltung
31.10.16	Leo Grupa Thema (1): Suffix Arrays: Grundlagen Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 17.10.16 um 11:00
07.11.16	Julian Sturm Thema (2): Suffix Arrays: Algorithmus von Kärkkäinen, Sanders und Burkhardt Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 24.10.16, 12:15
14.11.16	Luca Deininger Thema (3): Suffix Arrays: Algorithmus von Ko und Aluru Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 31.10.16, 11:00
21.11.16	Ertida Muka Thema (4): Suffix Arrays: SAIS-Algorithmus Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 07.11.16, nach dem Seminar
28.11.16	Robin Becker Thema (5): Platzsparende Datenstrukturen für Bitvektoren Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 14.11.16, nach dem Seminar
05.12.16	Georgios Tsitseridis Thema (6): Platzsparende Datenstrukturen: Range Minimum Queries Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 21.11.16, 11:00
12.12.16	Ron Fechnter Thema (7): Platzsparende Datenstrukturen: Longest Common Prefixes und Extended Suffix Arrays Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 28.11.16, 11:00
12/16&01/17	Weihnachten/Neujahr/Heilige Drei Könige
16.01.17	Dennis Post Thema (8): Kompression: Burrows-Wheeler-Transformation und Entropie von Texten Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 12.12.16, nach dem Seminar
23.01.17	Paul Hager Thema (9): Indizierung ohne Text: Der FM-Index Betreuer: Volker Heun. Vorbesprechung: 09.01.17, 12:15
30.01.17	Christian Beutel Thema (10): Affix Arrays Betreuer: Volker Heun. Vorbesprechung: 16.01.17, nach dem Seminar
06.02.17	Abschlussbesprechung

• Detaillierte Themenliste mit Literaturangaben

• Allgemeine Hinweise des Veranstaltungsleiters zu Seminaren. Es wird dringend empfohlen diese zu lesen und zu beachten.
• Ian Parberry's Speaker's Guide (Hinweise zum Halten von wissenschaftlichen Vorträgen, insbesondere in der theoretischen Informatik).
• Es empfielt sich die Ausarbeitung in LaTeX zu setzen, da dies eigentlich das einzige bekannte Satzsystem ist, mit dem man auch größere Texte und insbesondere mathematische Formeln bequem handhaben kann. Hierfür gibt es ein Beispiel und die dazugehörige LaTeX-Datei, die weitere Informationen enthält (Die folgende PostScript-Datei wird zur Demonstration ebenfalls benötigt).