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Algorithmische Bioinformatik II (WS 2014/15)
This page is available in German only.
Aktuelle Hinweise
Die Klausurergebnisse der Wiederholungsklausr wurden den Teilnehmern per
E-Mail zugesandt. Die Noten wurden automatisch an das Prüfungsamt
übermittelt. Ein Schein über die erfolgreiche abgelegte
Modulprüfung kann ab sofort im Sekretariat bei Frau Schneider
(Amalienstr. 17, Raum 405) abgeholt werden.
Die Liste der
Klausurergebnisse ist verfügbar. Die Noten wurden automatisch
an das Prüfungsamt übermittelt. Ein Schein über die
erfolgreiche abgelegte Modulprüfung kann im Sekretariat bei Frau
Schneider (Amalienstr. 17, Raum 405) abgeholt werden.
Die Version 5.100 (27.01.15) des
Skripts ist verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum
die-informatiker.net
die Möglichkeit.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct-12 Theresienstr. 39, B004 Do 10ct-12 Theresienstr. 39, B004
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:Benjamin Albrecht Simone Wolf
G1 Mi 14-16 Amalienstr. 17, SR105
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Approximierbarkeit
Multiple Sequence Alignment
Probabilistic Modeling
Hidden Markov Models
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte
Inhaltsangabe zur Verfügung
gestellt.
Modulprüfung
Die Modulprüfung besteht, wer mindestens 40% der Punkte zu den
Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralklausur teilnimmt.
Die Semestralklausur findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer an der Modulprüfung teilnehmen will, muss sich zur
Vorlesung und den Übungen
bis zum 15. Oktober anmelden .
Die Semestralklausur findet am Mittwoch, den 4. Februar um 13:15 Uhr
im Hörsaal S007 in der Schellingstr. 3 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Programmieraufgaben in JAVA sind grundsätzlich als ausführbare jar-Dateien abzugeben. Folgender Aufruf muss möglich sein:
java -jar gruppenname_blatt[Nr].jar * at * bio.ifi.lmu.de. Weitere Aufgabenteile (z.B. Analysen) sind schriftlich auf dem Übungsblatt abzugeben. Weitere Optionen, sowie Ein- und Ausgabeformate folgen für die einzelnen Programmieraufgaben:
Material
Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript ,
zur Verfügung gestellt.
Literatur zur Vorlesung
G. Ausiello, P. Crescenzi, G. Gambosi, V. Kann, A. Marchetti-Spaccamela,
M. Potasi:
Complexity and Approximation: Combinatorial Optimization Problems and
Their Approximability ,
Springer, 1999.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
W.J. Ewens, G.R. Grant:
Statistical Methods in Bioinformatics ,
Springer, 2001.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skriptum ,
2001-2008.
A. Isaev:
Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics ,
Springer, 2004.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
T. Koski:
Hidden Markov Models for Bioinformatics ,
Kluwer Acedimics Publishers, 2001.
I. Wegener:
Komplexitätstheorie - Grenzen der Effizienz von Algorithmen ,
Springer 2003.
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