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Algorithmische Bioinformatik I (SS 2008)
Aktuelle Hinweise
Die Noten wurden automatisch an den Prüfungsausschuss Bioinformatik übermittelt. Zusätzlich können die Scheine bei Frau Schneider (Amalienstr. 17, A405) abgeholt werden.
Die Version 2.48 (15.07.08) des Skripts ist verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum die-informatiker.net die Möglichkeit.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 8 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10-12 Th HS, B047 Do 10-12 Th HS, B047
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:
Caroline Friedel ,
Simon W. Ginzinger
Mi
12-14
Amalienstr. 17, SR105
Simon W. Ginzinger
Fr
16-18
Amalienstr. 17, SR105
Caroline Friedel
Voraussetzungen
Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Methoden zum Entwurf von Algorithmen
Methoden zur Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.
Scheinerwerb
Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben
erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt.
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis zum 21. April anmelden.
Die Semestralklausur findet am Montag, den 21. Juli, 14-17 Uhr, im D209 (Haupgebäude LMU) statt.
Die Wiederholungsklausur findet am 8. Oktober, 9-12, im SR105 in der Amalienstr. 17 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Material
Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript zur Verfügung gestellt.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skriptum ,
2001-2008.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
D.W. Mount:
Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis ,
Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
P. Pevzner:
Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach ,
MIT Press, 2000.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
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