Praktikum Genomorientierte Bioinformatik (SS 2013)

Das Praktikum gliedert sich in Seminarteil (Sommersemester) und Blockteil (Vorlesungsfreie Zeit). Beide Teile sind durch drei Themenblöcke gegliedert, die im Seminarteil in Gruppen hintereinander bearbeitet werden.

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Bioinformatik Programmierpraktikum

Thema:

Analyse von Gen- und Proteinexpression (Transkriptom-Sequencing-, Microarray- und Mass-Spec-Daten).

Seminarteil

Jeder Themenblock besteht aus drei Plenarterminen jeweils am Donnerstag 14h. Jeden DI, sowie DO nach den Vorträgen/Vorlesungen freies Arbeiten am Arbeitsblatt.

Im Praktikum werden Methoden der Bioinformatik für die Analyse von aktuellen Hochdurchsatzdaten theoretisch eingeführt, in praktischen Übungen behandelt und implementiert. Im Blockteil soll dann die Analyse auf ein konkretes übergeordnetes Thema in den jeweiligen Hochdurchsatzdaten fokussiert werden. Insbesondere sollen auch Verfahren zur Kombination der verschiedenen Daten und Methoden entwickelt werden.

Ziel des Praktikums ist dabei nicht nur ein breiter Überblick über aktuelle Themen der Bioinformatik, sondern auch das tiefere Auseinandersetzen mit den jeweiligen Hochdurchsatzmethoden. Den Teilnehmern wird darüber hinaus ein Einblick in aktuelle Forschungsarbeit gegeben. Das Ziel der Projektphase ist das Schreiben einer wissenschaftlichen Veröffentlichung zum Thema.

Das Praktikum gliedert sich in zwei Teile, die jeweils in Gruppen bearbeitet werden: Während der Vorlesungszeit werden die Themen je zweiwöchig eingeführt und mit Hilfe praktischer Aufgaben vertieft. Dabei werden etablierte Methoden angewendet und implementiert, um aktuelle biologische Daten zu analysieren. Im Blockteil wird das Thema ebenfalls in Gruppen bearbeitet, wobei sich je ein Teilnehmer auf einen der Datentypen spezialisiert. Dabei sind der kreativen und innovativen Anwendung und Kombination aller möglichen Bioinformatikmethoden keine Grenzen gesetzt.

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