Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen (SS 2015)

Aktuelle Hinweise

Die Ergebnisse der Wiederholungsklausur sind verfügbar.
Die Klausureinsicht findet nach individueller Terminabsprache statt.
Das Skript (V5.42/07.09.15) ist verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum www.die-informatiker.net die Möglichkeit.

Dozent:

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort:

Di	10ct-12	Theresienstr. 39, B004
Do	10ct-12	Thehesienstr. 39, B004

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

8mct-10

Amalienstr. 17, A105

Benjamin Albrecht

Voraussetzungen

Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums
Der erfolgreiche Besuch der Veranstaltung Algorithmische Bioinformatik I ist empfehlenswert.

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:

Evolutionary Trees

binäre perfekte Phylogenie
allgemeine perfekte Phylogenie
perfekte Phylogenie mit zwei Merkmalen
ultrametrische Bäume
additive Bäume
kompakt additive Bäume
Exkurs: Priority Queues und Fibonacci-Heaps
Sandwich- und Approximationsprobleme
Splits und Splits-Graphen

Physical Mapping

PQ-Bäume und Consecutive Ones Property
PQR-Bäume, PC-Bäume und andere Varianten
Exkurs: Union-Find-Datenstrukturen
Intervall-Graphen und parametrisierte Sandwich-Probleme

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte Inhaltsangabe zur Verfügung gestellt.

Scheinerwerb

Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.

Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis Mitte April anmelden.

Die Semestralklausur findet am 16. Juli (9:30-12:00) statt.

Die Wiederholungsklausur findet am 14. Oktober (13:50-16:00) statt.

Informationsblätter

Informationsblatt 1 vom 14.04.15 (aktualisiert)

Informationsblatt 2 vom 02.06.15

Informationsblatt 3 vom 15.09.15

Übungsblätter

Übungsblatt	Abgabe bis
Blatt 0 (vom 16.04.15)	Donnerstag, den 23.04.15
Blatt 1 (vom 23.04.15)	Donnerstag, den 30.04.15
Blatt 2 (vom 30.04.15)	Donnerstag, den 07.05.15
Blatt 3 (vom 05.05.15, aktualisiert)	Mittwoch, den 13.05.15
Blatt 4 (vom 12.05.15)	Donnerstag, den 28.05.15
Blatt 5 (vom 21.05.15)	Mittwoch, den 03.06.15
Blatt 6 (vom 02.06.15)	Donnerstag, den 11.06.15
Blatt 7 (vom 11.06.15)	Donnerstag, den 18.06.15
Blatt 8 (vom 18.06.15)	Donnerstag, den 25.06.15
Blatt 9 (vom 25.06.15)	Donnerstag, den 02.07.15
Blatt 10 (vom 02.07.15)	Donnerstag, den 09.07.15
Semestralklausur
Semestralklausur mit Lösungsskizze

Material

Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript zur Verfügung gestellt.

Literatur zur Vorlesung

P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
J. Felsenstein: Inferring Phylogenies, Sinauer Associates, 2004.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
D. Huson, R. Rupp, C. Scornavacca: Phylogenetic Networks: Concepts, Algorithms and Applications, Cambridge University Press, 2010.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik I/II/III, Skriptum, 2001-2005
M. Nei, S. Kumar: Molecular Evolution and Phylogenetics, Oxford University Press, 2000.
C. Semple, M. Steel: Phylogenetics, Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, Vol. 24. Oxford University Press, 2003.

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