Algorithmen auf Sequenzen (WS 2009/10)

Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

• Optimal Scoring Subsequences
• Suffix-Trees Revisited
• Repeats
• Interludium: LCA-Queries und RMQ
• Suffix-Arrays
• Genome Rearrangements

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet je nach Beteiligung als mündliche oder schriftliche Prüfung statt. Die Art der Prüfung wird im Dezember festgelegt.
Die Zusammenarbeit und Abgabe von bis zu 2 Personen ist erlaubt. Dabei ist zu beachten, dass beide in den Übungen in der Lage sein müssen, die gemeinschaftlich erarbeitete Lösung an der Tafel vorzustellen.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 26. Oktober anmelden.
Die Semestralklausur findet voraussichtlich am Montag, dem 15.02.10, 12-15 Uhr im Raum A213 im Hauptgebäude statt..

Das bestehende Skript wird vorlesungsbegleitend aktualisiert.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette: Combinatorics of Genome Rearrangements, MIT Press, 2009.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
• S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
• P. Pevzner: Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
• J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
• Sowie zahlreiche Originalliteratur (siehe Skript).