Vorlesung Einführung in die Cheminformatik (WS 2007/08)

Die Vorlesung dient als Einführung in die Chemieinformatik und der Rechnergestützten Methoden zur Entwicklung von biologisch relevanten Wirkstoffen. Dabei werden sowohl die grundsätzlichen Probleme, als auch die algorithmischen, mathematischen physikalischen und chemischen Grundlagen zu den verschiedenen Lösungsansätzen erläutert. Themenbereiche sind Targetidentifizierung, Molekulare Interaktionen, Konformationsanalyse, Bewertungsfunktionen, Strukturvorhersage (Docking), Drug design, Molekulare Überlagerung und Ählichkeitsanalyse mit 1D-3D Verfahren, ADME/Tox Vorhersage, QSAR, HTS screening, Virtual Screening. Dabei werden Algorithmen und Methoden, wie Dynamische Programmierung, Gradientenverfahren, genetische Algorithmen, Monte Carlo, Simulated Annealing, Neuronale Netze, support Vektor Maschinen, partial least squares, cliquensuche und subgraphisomorphie an Beispielen behandelt und anhand ihrer Grundlagen erläutert. Außerdem wird erläutert, wie sich die verschiedenen behandelte Verfahren in den Wirkstoffentiwcklungsprozess eingliedern lassen.

Folien	Datum
Einleitung	18.10.2007
Die Geschichte und erste Konzepte	25.10.2007
Chemische Grundlagen und Molekulare Graphen	8.11.2007
Physikalische Grundlagen und Kraftfelder	15.11.2007
Freie Energien, Intro PartII	22.11.2007
Docking	29.11.2007
Docking / Flexible receptors	6.12.2007
Molecular design	13.12.2007
WrapUp II	19.12.2007
QSAR/ADME	17.01.20078
Ligand alignment	24.01.2008
Machine learning basics	31.01.08