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Seminar: Aktuelle Probleme der Bioinformatik (WS 2007/08)

Aktuelle Hinweise

(25. 09. 2007) Die Termine für die einzelnen Themen stehen fest (s.u.). Die Vorbesprechung muss spätestens eine Woche vor dem Vortrag stattfinden, andernfalls fällt der entsprechende Vortrag aus.

Allgemeine Informationen

Dozent:: Ralf Zimmer
Betreuer:: Fabian Birzele; Caroline Friedel
Beschreibung:: Dieses Seminar wird sich mit aktuellen Problemen der Bioinformatik beschäftigen. Dazu werden aktuelle Veröffentlichungen der zwei größten Konferenzen auf diesem Gebiet, der RECOMB und der ISMB, herangezogen.

Material

RECOMB Proceedings (Paper) (Download freischalten)
Folien (Download freischalten) zur Vorbesprechung von Prof. Zimmer am 27.07.2007

Themen und Einteilung

12. 11. 2007	Rickert Thema: An Efficient Method for Dynamic Analysis of Gene Regulatory Networks and in silico Gene Perturbation Experiments Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Ralf Zimmer
19. 11. 2007	Klarl Thema: Multiple Sequence Alignment Based on Profile Alignment of Intermediate Sequences Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Fabian Birzele
26. 11. 2007	Mair Thema: Free Energy Estimates of All-Atom Protein Structures Using Generalized Belief Propagation Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Fabian Birzele
3. 12. 2007	Failmezger Thema: Comparative Analysis of Spatial Patterns of Gene Expression in Drosophila melanogaster Imaginal Discs Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Ralf Zimmer
10. 12. 2007	Schauberger Thema: Network Motif Discovery Using Subgraph Enumeration and Symmetry-Breaking Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Caroline Friedel
17. 12. 2007	Pastl Thema: Pairwise Global Alignment of Protein Interaction Networks by Matching Neighborhood Topology Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Fabian Birzele
7. 1. 2008	Prinz Thema: Production-Passage-Time Approximation: A New Approximation Method to Accelerate the Simulation Process of Enzymatic Reactions Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Caroline Friedel
14. 1. 2008	Utz Thema: Network Legos: Building Blocks of Cellular Wiring Diagrams Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Caroline Friedel
21. 1. 2008	Vicedo-Jover Thema: A Bayesian Model That Links Microarray mRNA Measurements to Mass Spectrometry Protein Measurements Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Ralf Zimmer
28. 1. 2008	Kaya Thema: Reconstructing the topology of Protein Complexes Folien Handout Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Caroline Friedel
04. 2. 2008	Naeem Thema: Protein Conformational Flexibility Analysis with Noisy Data Ausarbeitung (Download freischalten) Betreuer: Ralf Zimmer

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