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Proseminar Bioinformatik I: Algorithmische Bioinformatik (WS 2011/12)
Aktuelle Hinweise
Der Vortrag von Frau Tatjana Drishberger (Mo 10-12) wurde auf den folgenden Montag, 19.12.2011 verschoben. Der Termin von 10-12h am 12.12.2011 entfällt.
Die Vorbesprechung und Themenvergabe findet statt am Montag, 1.8.2011, 12-14, Amalienstr. 17, A 105.
Der Termin für die Abgabe der schriftlichen Ausarbeitungen wurde festgelegt auf Mittwoch, 29.Februar 2012 . Abgaben per Mail gleichzeitig an Ralf Zimmer, Florian Erhard und Tobias Petri.
Allgemeine Informationen
Termine 10-12 Uhr
31.10.2011
Alexander Grün Thema(1):
Basic String Searching: Knuth-Morris-Pratt, Z-algorithm
Florian Erhard
Vorbesprechung: 24.10.2011
7.11.2011
Susanne Bakeneker Thema (2):
Basic String Searching: Boyer-Moore, Apostolico-Giancarlo
Florian Erhard
Vorbesprechung: 31.10.2011
14.11.2011
Marie-Sophie Friedl Thema (3):
Basic String Searching: Shift-And, Karp-Rabin, Seminumerical matching
Florian Erhard
Vorbesprechung: 7.11.2011
21.11.2011
Stefan Weber Thema (4):
Suffix Trees and arrays: Fundamentals
Florian Erhard
Vorbesprechung: 14.11.2011
28.11.2011
Wilhelm Gottschall Thema (5):
Suffix Trees construction: Ukkonen algorithm
Florian Erhard
Vorbesprechung: 21.11.2011
5.12.2011
Christiane Gasperi Thema (6):
Markov chains and HMMs: Fundamentals
Tobias Petri
Vorbesprechung: 28.11.2011
19.12.2011
Tatiana Drishberger Thema (7):
Hidden Markov Models: Algorithms
Tobias Petri
Vorbesprechung: 5.12.2011
16.1.2012
Yann Spöri Thema (7):
Phylogeny Reconstruction: Distance-based Methods
Tobias Petri
Vorbesprechung: 9.1.2012
23.1.2012
Hippolyt Ritter Thema (8):
Phylogeny Reconstruction: Parsimony Methods
Tobias Petri
Vorbesprechung: 16.1.2012
30.1.2012
Christian Roth Thema (9):
Phylogeny Reconstruction: Maximum likelihood approaches
Tobias Petri
Vorbesprechung: 23.1.2012
Termine 12-14 Uhr
31.10.2011
Milot Mirdita Thema(1):
Basic String Searching: Knuth-Morris-Pratt, Z-algorithm
Florian Erhard
Vorbesprechung: 24.10.2011
7.11.2011
Natalie Hoecker Thema (2):
Basic String Searching: Boyer-Moore, Apostolico-Giancarlo
Florian Erhard
Vorbesprechung: 31.10.2011
14.11.2011
Benedikt Rauscher Thema (3):
Basic String Searching: Shift-And, Karp-Rabin, Seminumerical matching
Florian Erhard
Vorbesprechung: 7.11.2011
21.11.2011
Verena Friedl Thema (4):
Suffix Trees and arrays: Fundamentals
Florian Erhard
Vorbesprechung: 14.11.2011
28.11.2011
Julia Glas Thema (5):
Suffix Trees construction: Ukkonen algorithm
Florian Erhard
Vorbesprechung: 21.11.2011
5.12.2011
Linda Leidig Thema (6):
Markov chains and HMMs: Fundamentals
Tobias Petri
Vorbesprechung: 28.11.2011
12.12.2011
Sandra Fischer Thema (7):
Hidden Markov Models: Algorithms
Tobias Petri
Vorbesprechung: 5.12.2011
16.1.2012 (entfällt)
Kristina Krauskopf Thema (7):
Phylogeny Reconstruction: Distance-based Methods
Tobias Petri
Vorbesprechung: 9.1.2012
23.1.2012 (entfällt)
Klint Berdica Thema (8):
Phylogeny Reconstruction: Parsimony Methods
Tobias Petri
Vorbesprechung: 16.1.2012
30.1.2012
Dominik Friedrich Thema (9):
Phylogeny Reconstruction: Maximum likelihood approaches
Tobias Petri
Vorbesprechung: 23.1.2012
Literatur
Gusfield D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences.
Cambridge Univ. Press, 1997.
Rabiner, L.: A tutorial on Hidden Markov Models and selected applications in speech recognition, IEEE, 1989
Swofford, D. L., and G. J. Olsen. 1990. Phylogeny reconstruction. chapter (p. 411-501) in D. M. Hillis and G. Moritz (eds.), Molecular Systematics. Sinauer Associates, Sunderland, Mass. Swofford.
Durbin et al.: Biological Sequence Analysis.
Cambridge Umniv Press, 1998.
Borodovski et al.: Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis.
Cambridge Univ. Press, 2006.
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