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Inhalt
Algorithmische Bioinformatik I (SS 2012)
Aktuelle Hinweise
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct-12 Theresienstr. 39 B139 Do 10ct-12 Theresienstr. 39 B139
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:Benjamin Albrecht Florian Erhard Konrad Schreiber
G1
Mi
14-16
105
Amalienstr. 17
G2
Mi
16-18
105
Amalienstr. 17
G4
Mi
10:30-12
105
Amalienstr. 17
Voraussetzungen
Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte
Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur
Verfügung gestellt.
Scheinerwerb
Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben
erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt.
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis zum 23. April 12 Uhr anmelden.
Die Semestralklausur fand am Donnerstag, den 26. Juli
um 9 Uhr im Hörsaal B52 in der Theresienstr. 39 statt.
Die Wiederholungsklausur findet am Freitag, den 12. Oktober um
9 Uhr im Hörsaal B139 in der Theresienstr. 39 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Programmieraufgaben in JAVA sind grundsätzlich als ausführbare jar-Dateien abzugeben. Folgender Aufruf muss möglich sein:
java -jar gruppenname.jar -n <aufgabe> [optionen]
Material
Das Skript wird vorlesungsbegleitend
aktualisiert.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
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