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Hauptseminar Bioinformatik (WS 2012/13)
Aktuelle Hinweise
Formaler Rahmen: Jeder Teilnehmer gestaltet eine Sitzung des Hauptseminars mit einem Vortrag zu einem ausgewählten Thema. Deshalb gibt es maximal 15 Plätze und Teilnehmer im Hauptseminar. Die erste Vorbesprechung ist spätestens drei Wochen vor dem Vortragstermin mit dem jeweiligen Betreuer zu halten. Ein Folienentwurf soll hier bereits vorliegen. Die fertigen Folien müssen eine Woche vor dem Vortrag vorgelegt und besprochen werden.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Ralf Zimmer
Betreuer:
Gergely Csaba
Florian Erhard
Robert Küffner
Konrad Schreiber
Lukas Windhager
Zeit und Ort:
Mo 12-14 Amalienstr. 17, A105
Beschreibung:
Dieses Hauptseminar beschäftigt sich mit aktuellen Problemen und Fragestellungen der Bioinformatik. Dazu werden aktuelle Veröffentlichungen aus verschiedenen Themenbereichen herangezogen. Ziel ist eine detailierte und kritische Auseinandersetzung mit den in wissenschaftlichen Publikationen vorgestellten Methoden und Ergebnissen. Aus diesem Grund wird sich jeder Vortrag in diesem Hauptseminar mit jeweils mindestens zwei aktuellen Publikationen befassen mit dem Ziel die darin vorgestellten Ansätze, Methoden und Ergebnisse einer kritischen Evaluation zu unterziehen.
Vorbesprechung: Fr, 27.7. 2012, 10-11h
Themen und Einteilung
Themenblock (Gergely Csaba, max. 4 Vorträge): Protein structure and alternative splicing
Protein structure analysis
structure prediction
alternative splicing (NGS, mass spec, regulation, tissue specificity, structures)
text mining
Themenblock (Florian Erhard, max. 4 Vorträge): Noncoding RNAs and NGS
NGS
Noncoding mRNAs
miRNA targets
miRNA regulation
Themenblock (Robert Küffner, max. 4 Vorträge): Gene regulatory networks
Interaction Networks
Network Inference
Gene regulatory networks
gene expression
Themenblock (Konrad Schreiber, max. 4 Vorträge): Mass spec and Protein Expression
Mass spectrometry
MaxQuant/Andromeda
protein expression and regulation
post-translational modifications
Themenblock (Lukas Windhager, max. 4 Vorträge): Systems biology
Systems modeling
Petri nets
systems modeling
PNFL
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