Programmierpraktikum Bioinformatik (WS 2009/10)

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Aktuelle Hinweise

Der Blockteil des Programmierpraktikums beginnt am Montag, dem 22. Februar, um 9ct im Hörsaal B206 im Hauptgebäude der LMU.

Alte Hinweise

Die nächste Veranstaltung im Rahmen des Praktikums ist die abschließende Besprechung des Blockteils. Diese findet wie angekündigt am 12.01.2010, 13:00 Uhr im CIP-Pool in der Amalienstraße statt.
Im folgenden die Liste der zum Blockteil zugelassenen Studenten. Angegeben sind Ihre Matrikelnummern, aufsteigend sortiert. Jeder der nicht auf dieser Liste steht ist nicht zum Blockteil zugelassen. Für Rückfragen stehen wir am Dienstag den 22.12.2009 um 13:00 Uhr s.t. im CIP-Pool in der Amalienstraße zur Verfügung.
Die Endergebnisse des Othello-Turniers werden zum nächsten Termin am Di,12.01.2010 bekannt gemacht.
Alle Teilnehmer des Praktikums benötigen eine Rechnerkennung im CIP-Pool des Instituts für Informatik der LMU. Daher bitten wir alle Teilnehmer, ihre Rechnerkennung am CIP-Pool zu überprüfen und gegebenenfalls sich rechtzeitig (d.h. bis Semesterbeginn!!) um eine gültige Rechnerkennung zu kümmern.
Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für alle Teilnehmer die erfolgreiche Teilnahme am Projekt während der Vorlesungszeit notwendig. Eine interne Seite hierzu finden sie hier.
Der Blockteil des Programmierpraktikums findet vom 22. Februar mit 12. März 2010 statt.
Dienstag, den 15. Dezember ist wie Ihnen ja bekannt ist die Frist für die Abgabe der Othello-Spiele. Bitte beachten Sie die folgenden Punkte:

(1) Der Abgabeserver wird am Dienstag bis 24:00 Uhr geöffnet sein. Bis dahin muss jeder sein Projekt in das Abgabesystem eingestellt haben.

ACHTUNG: Da vermehrt hochgeladen wird und jeder gegen jeden spielt (4 Runden je 8 Sekunden und bisher 35+ Abgaben) dauert es worst-case einige Stunden (gesetzt alle Klassen werden gleichzeitig aktualisiert) um die Serverergebnisse komplett zu erneuern. Es ist also nicht sinnvoll alle 2 Minuten eine neue Version hochzuladen.

(2) Wir bitten Sie die fertigen GUI-Versionen mit folgendem Betreff direkt an "petri * at * bio.ifi.lmu.de" zu senden: "Othello_Abgabe_<Nachname>_<Vorname>"

(3) Im Anhang der Mail muss es ein jar-file mit dem gleichen Namen und der Erweiterung ".jar" geben. Wir weisen nochmals daraufhin, dass nur Abgaben, die direkt via `java -jar <jarfile>` lauffähig sind gewertet werden können (Bei zusätzlich nötigen Schritten, Bibliotheken etc. bitte eine README and die Mail anfügen).

(4) Es müssen alle nötigen Java-Quellen und nötigen Abhängigkeiten gepackt und angehängt werden (idealerweise in dem lauffähigen .jar, ansonsten auch in einem separaten .jar-File)

Es gibt am Dienstag kein offizielles Meeting. Bei Fragen werden wir aber von 13:15-14:00 im cippool sein. Auf vielfache Anfrage wird zudem der Termin am 22.12.2009 nicht stattfinden.Die Liste mit den Endergebnissen wird auf der Website veröffentlicht, so dass Sie matrikelnummerspezifisch Ihre Zulassung zum Blockteil einsehen können. Sollte es bezüglich der Zulassungen Klärungsbedarf geben, kommen Sie bitte am 22.12. um 13:00 Uhr in den CIP-Pool.
Die Präsentation und Siegerehrung wird vorraussichtlich im nächsten Jahr am Di,12.01.2010 sein. Es ist geplant, dass im Rahmen der Siegerehrung die Verfasser der besten Abgaben (GUI/Strategie) ihr System hier kurz präsentieren können (~5-10min).
Nach der Präsentation ist der nächste offizielle Termin am Anfang des Blockteils (hier werden Sie ebenfalls nochmals an dieser Stelle informiert).
Der Abgabeserver für den Blockteil ist ab sofort geöffnet. Nähere Informationen finden Sie unter Material
Die organisatorische Einführungsveranstaltung zum Programmierpraktikum fand am Dienstag, dem 20. Oktober, um 14ct im CIP-Pool in der Amalienstr. 17 statt. Die Teilnahme daran ist für alle Praktikumsteilnehmer verpflichtend.
Die Anmeldung zum Programmierpraktikum Bioinformatik wart bis zum 15. Oktober 2009 möglich.

Allgemeine Informationen

Projektphase während der Vorlesungszeit:

27.10. – 22.12.

CIP-Pool, Amalienstr. 17

Details siehe unter Projektphase

Blockveranstaltung:

22.02.–26.02., 9ct–13	HS B206, Hauptgebäude
22.02.–26.02., nachmittags	LMU CIP-Pool Amalienstr.17
27.02.–12.03., ganztägig	LMU CIP-Pool Amalienstr.17

Praktikumswebseite

Zum laufenden Programmierpraktikum gibt es eine interne Praktikumswebseite, die die Aufgaben, Folien, Literaturhinweise und weitere Informationen für die Teilnehmer enthält (noch nicht verfügbar).

Voraussetzungen

Umgang und Programmierung unter Unix/Linux Systemen sowie Programmierkenntnisse in Java und Perl, wie sie im ersten Studienjahr durch aktive praktische Erfahrungen im Programmieren zu erwerben sind, werden vorausgesetzt.

Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für alle Teilnehmer die erfolgreiche Teilnahme am Projekt während der Vorlesungszeit notwendig. Die Details werden noch bekannt gegeben.

Ziel des Programmierpraktikums

Nach dem Programmierpraktikum sollen die Teilnehmer einen guten Einblick in webbasierte Bioinformatikanwendungen und die derzeit vorherrschend dazu eingesetzte Infrastruktur und Tools haben und eigenständig neue Applikationen benutzergerecht entwickeln und präsentieren können.

Inhalt

Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei Bereichen

Bioinformatikanwendungen
Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
Programmierung

vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert. Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert. Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux, MySql und HTML/XML eingesetzt.

Projektphase während der Vorlesungszeit

In der Vorlesungszeit werden im Rahmen eines kleinen Projekts die Software-Kenntnisse in Java aufgefrischt. Das erfolgreiche Bestehen dieses Projekts ist Voraussetzung für die Zulassung zum Blockteil. Material finden sie auf den internen Seiten.

27.10. 13:00 s.t.	Terminplan und Einführung in das Spielprojekt: Othello (Regeln und Interfaces) Einführung: Verwendung der Kommandozeile Hausaufgabenstellung und freies Programmieren
03.11.	Einführung & Hands On: GUI Programmierung mit Swing Hausaufgabenstellung und freies Programmieren
10.11.	Ende der Einführungsphase, Beginn des Spielprojekts Othello: Wiederholung der Spielregeln, Lösungsansätze Aufgabenstellung und freies Programmieren - Datenstrukturen
17.11.	Abnahme der alten Aufgabe Aufgabenstellung und freies Programmieren - GUI
24.11.	Vorlesung: Fortgeschrittene Spielstrategie Abnahme der alten Aufgabe Freies Programmieren
01.12.	Das Spiel soll lauffähig sein. Die Spielstrategie soll nun verbessert werden. Freies Programmieren
08.12.	Freies Programmieren
15.12.	Abnahme der Projekte, Spiel: Jeder gegen Jeden auf dem Abgabeserver.
22.12.	Präsentation und Siegerehrung

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