Programmierpaktikum: Teilnehmer-Seite (WS2009/10)

Die technische Abnahme findet innerhalb der Gruppen in der Innenstadt (Seminarraum 406, Amalienstr. 17, 4. Stock) sowie in Garching (Seminarraum) jeweils am Montag und Dienstag statt.

Die Gruppen sollten bei der technischen Abnahme eine kleine (5-10 minütige) Präsentation vorbereiten, die im Wesentlichen beschreibt, was die Gruppe gemacht hat, wer die einzelnen Teile implementiert hat und wie die Programme implementiert und designed wurden.

Die Zeiten sind noch vorläufig, werden sich aber vorauissichtlich höchstens geringfügig ändern.

• Report-Formular
• Aufgabenblatt 1 (Abgabetermin: 23.02. 9:00)
• Aufgabenblatt 2 (Abgabetermin: 25.02. 9:00)
• Aufgabenblatt 3 (Abgabetermin: 01.03. 9:00)
• Aufgabenblatt 4 (Abgabetermin: 08.03. 9:00)

• (02/22) Gruppeneinteilung
• (02/22) I Organization/Introduction/Schedule (Ralf Zimmer)
• (02/22) II Structure Prediction: Example (Ralf Zimmer)
• (02/22) III CVS/Make (Ralf Zimmer)
• (02/22) IV HTTP (Ralf Zimmer)
• (02/22) V Tools and Biological Databases (Tobias Petri)
• (02/23) Perl (Lothar Richter)
• (02/23) Programmentwicklung (Lothar Richter)
• (02/24) HTML (Robert Küffner)
• (02/24) Perl CGI (Robert Küffner)
• (02/24) Datenbanken (Lukas Windhager)
• (02/25) Sequenzen-Alignment (Florian Erhard)
• (02/26) Secondary Structure Prediction (Ralf Zimmer)
• (02/26) Validierung (Caroline Friedel)

• Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus 0,...,9) lautet bpw09_x.
• Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet /home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/progpraktx/.
• Das Heimatverzeichnis des Programmierpraktikums lautet /home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/.
• Der Wechsel in eine andere Gruppe erfolgt mit dem Kommando newgrp (siehe man newgrp).

BIMSC

Weitere Infos zum BIMSC-Cluster unter: www.bioinformatik-muenchen.de/studium/students/bim-compute-cluster

HOME

Das home ~<login> auf bimsc ist im CIP-Pool unter /home/proj/BIMSC/home/<login> gemounted. Am besten legt man sich einen Link im CIP-Pool auf sein BIMSC-Home an.

Gruppen-HOME

Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet /home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/progpraktx/. Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus 0,...,9) lautet bpw09_x.
Der Wechsel in eine andere Gruppe erfolgt mit dem Kommando newgrp (siehe man newgrp).
Alle Dateien und Ordner Lösugsordner Solution<x> im Gruppenhome müssen der eigenen Praktikims-Gruppe bpw09_x gehören!

Praktikumsverzeichnis

Das Praktikumsverzeichnis lautet /home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt sowohl auf BIMSC als auch im CIP-Pool.

Bioinformatik-Software

Spezielle Bioinformatik-Software für das Praktikum liegt unter /home/proj/BIMSC/proj/lmu/software

Bioinformatik-Daten

Spezielle Bioinformatik-Datenbanken für das Praktikum liegt unter /home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/Data

CGI-Server:

Auf BIMSC sind bimsc0[4-7] als CGI-Server eingerichtet. Am besten verwendet Gruppe x den CGI-Server bimsc0(4+x%4).
Das Heimatverzeichnis muss mindestens die Rechte 711 besitzen. CGI-Skripte müssen in ~<login>/public_html abgelegt werden und Rechte 755 besitzen. Die Logfiles sind unter /var/log/apache2/ verfügbar.

MySQL-Datenbanken:

Auf bimscs1 liegt eine MySQL-Datenbank. Jede Gruppe bekommst für diese einen eigenen login mit Passwort zugeteilt.

NX:

Im Seminarraum 107 sind Notebook-Arbeitsplätze mit Bildschirmen vorgesehen, die Anbindung an den CIP-Pool erfolgt durch bereitgelegte LAN-Kabel und NX. Im Gegensatz zur RBG-Beschreibung soll das Einloggen an einen der CIP-Rechner in der Amaleinstr. direkt erfolgen (nicht über remote.cip). Zur Lastverteilung erhält jeder Teilnehmer im Seminarraum einen eigenen CIP-Rechner zugeordnet, so dass auf einem CIP-Rechner maximal zwei Praktikumsteilnehmer arbeiten.

• Allgemeine Dokumentation

  1. CIP-Pool des Instituts für Informatik der LMUs

• Unix

  1. Tutorial 1
  2. Tutorial 2
     

• Java

  1. java.sun.com
  2. BoKu Wien Java Schulung

• Perl

  1. Perldoc
  2. Tutorial
     

• HTML

  1. selfhtml
  2. W3C HTML resources

• HTTP

  1. W3C HTTP resources

• Databases: MySQL

  1. Manual)
  2. SQL Tutorial

• Tools

  1. gnuplot
  2. Not so FAQ - gnuplot
  3. Rasmol Manual
  4. Chimera Manual
  5. HMMer Manual
  6. make
  7. CVS

• Paper/Original Literature

  1. Prediction of secondary structure of proteins - Chou, Fasman
  2. GOR method for predicting secondary structure from amino acid sequence - Garnier, Gibrat, Robson
  3. GOR V - method: extension of GOR to multiple alignments - Kloczkowski, Ting, Jernigan, Garnier
  4. A model of evolutionary change in proteins - Dayhoff, Schwartz, Orcutt
  5. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequences of two proteins - Needlman, Wunsch
  6. An improved algorithm for matching biological sequences - Gotoh
  7. Identification of common molecular subsequences - Smith, Waterman
  8. Contemporary approaches to protein structure classification - Swindells, Orengo, Jones, Hutchinson, Thornton
  9. A modified definition of SOV, a segment based measure for protein secondary structure prediction assessment - Zemla, Venclovas, Fidelis, Rost
  10. Improved profile-profile alignment via log average scoring - vonÖhsen, Zimmer
  11. Fast protein fold recongnition via sequence to structure alignment and contact capacity potentials - Alexandrov, Nussinov, Zimmer
  12. How to fold graciously - Levinthal
  13. Calculation of conformational ensembles from potentials of mean force - Sippl
  14. New scoring schemes for protein fold recognition based on Voronoi contacs - Zimmer, Wöhler, Thiele
  15. Protein Secondary Structure Prediction Based on Position-Specific Scoring Functions - Jones