Praktikum Netzwerk- und Expressionsdaten-Analyse (SS2016, NEAP)

• Raum:A 406 + CIP-pool, Amalienstr. 17
• Beginn und Einführung: Dienstag,19.04.2016 14:00, A 406
• Zeit (während des Semesters): Dienstag (14-18) und Donnerstag (14-18)
• Semesterferien: 2 Wochen Blockkurs 18.07.-29.07.2016 / 1.8.2016
• Umfang: 10 SWS / 12 ECTS (10P/Block)

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht (Interne Webseite)

Das Thema des Praktikums ist eine komplexe menschliche Krankheit: Atherosklerose (ein Hauptproblem von Kardio-vaskulären Krankheiten). Wesentliches Ziel ist die Entwicklung von kontext-spezifischen Netwzwerken für Mensch und Maus und deren Vergleich.

Im Praktikum wird ein Netzwerkmodell entwickelt um das verfügbare Wissen über die Krankheit in Form einheitlicher Petrinetze zusammenzufassen. Dazu werden Datenbank-Extraktions und Textmining Techniken eingesetzt, die in der Arbeitsgruppe entwickelt wurden. Die Methoden werden für den Anwendungsfall Atherosklerose geeignet weiterentwickelt bzw. neue Verfahren implementiert.

Zusätzlich werden ein 'Big Data Index' zur Sammlung aller relevanter Hochdurchsatzdaten zu Atherosklerose und ein Web-basiertes Tool für den Zugriff, die Suche und die Indizierung dieser Datensätze entwickelt.

Die entwickelten Netzwerke (Atheronetwork) und Datenindices (Atheroindex) sollen in Forschungsprojekten zusammen mit Medizinern genutzt werden können, um neue Hochdurchsatzdaten zu Atherosklerose interpretieren zu können.

Das beinhaltet u.A. NGS Datensätze wie RNA-seq und SRNA-seq, Mikroarray, miRNA und Proteomics/Massenspektrometrie Datensätze.

Das Praktikum besteht aus drei Teilen:

1. Seminar und Methoden
2. Implementierung eines neuen Ansatzes
3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Manuskripts

Achtung: Um den einführenden Teil zu beschleunigen finden ggfs. Seminar-Vorträge am Di und Do statt.

• Prof. Dr. Ralf Zimmer
• Dr. Gergely Csaba
• Dr. Florian Erhard

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Programmierpraktikum Bioinformatik
• Praktikum Genomorientierte Bioinformatik

Gute Programmierkenntnisse in Java unter Linux sind notwendig. Das Praktikum wird in Kleingruppen von 3-4 Studenten durchgeführt.

1. Seminarvorträge
2. Abnahme des Web-basierten Systems für Atheronetwork und Atheorindex
3. Praktikumsbericht, Manuskript oder Paper