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Programmierpaktikum: Teilnehmer-Seite (WS2011/12)
Aktuelle Hinweise
[05.03.12/13:58] Sie können Vorabversionen von GOR (train.jar, predict.jar, validateGor.jar) an petri * at * bio.ifi.lmu.de senden. Maximal eine Abgabe pro Gruppe.
[27.02.12/12:10] Update von Aufgabenblatt 4. Betrifft "5. Specifications Alignment": neuer Parameter --nw.
[27.02.12/09:36]
Aufgabenblatt 4 ist online. Es enthält die Aufgabenstellung für
den nun folgenden Hauptteil des Praktikums.
Lesens Sie das Aufgabenblatt vollständig durch und erstellen Sie
zuallererst ein Konzept, wie auf der ersten Seite beschrieben.
Teilen Sie die Aufgaben innerhalb der Gruppe sinnvoll auf.
Pair Programming oder ähnliche Techniken sind explizit erlaubt, jedoch
muss jedes Gruppenmitglied hauptverantwortlich für einen klar
definierten Teil der Aufgaben sein.
D.h. am Ende muss jeder "seinen" Teil der Aufgaben vorzeigen
bzw. präsentieren können.
Alte Hinweise
[22.02.12/19:45]
Die Folien sind online.
[01.02.12/15:00]
Die Teilnehmerseite ist nun erstellt.
Abnahme und Präsentation
Die Zeiten sind noch vorläufig, werden sich aber voraussichtlich
nichht allzu sehr ändern.
Die technische Vorabnahme findet parallel innerhalb der Gruppen im
CIP-Pool am Dienstag, den 6. März ab 10 Uhr statt.
Die technische Endabnahme findet sequentiell innerhalb der Gruppen im
Seminarraum 406, Amalienstr. 17, 4. Stock am Mittwoch, den
7. März statt:
Technische Endabnahme
Mittwoch, 7.3.
09:00-09:45
Gruppe 1
Mittwoch, 7.3
09:45-10:30
Gruppe 2
Mittwoch, 7.3.
10:30-11:15
Gruppe 3
Mittwoch, 7.3.
11:15-12:00
Gruppe 4
Mittwoch, 7.3.
12:00-12:45
Gruppe 8
Pause
Mittwoch, 7.3.
14:00-14:45
Gruppe 9
Mittwoch, 7.3.
14:45-15:30
Gruppe 7
Mittwoch, 7.3.
15:30-16:15
Gruppe 6
Mittwoch, 7.3.
16:15-17:00
Gruppe 5
Die Abschlussveranstaltung im Plenum finden am Donnerstag, den
8. März. um 14ct im CIP-Pool (Amalienstrasse) statt.
Stundenplan für die erste Woche
Schellingstr. 3, Hörsaal S007.
Aufgabenblätter
Die finalen Abgabeverzeichnisse werden von den Betreuern kopiert und unter
*.fin in den Gruppenverzeichnissen abgelegt.
Folien
Gruppenverzeichnisse und Gruppenkennungen
Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus
0,...,9) lautet bpw11_x .
Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet
/home/proj/biocluster/praktikum/bioprakt/progpraktx/ .
Das Heimatverzeichnis des Programmierpraktikums lautet
/home/proj/biocluster/praktikum/bioprakt/ .
Der Wechsel in eine andere Gruppe erfolgt mit dem Kommando
newgrp (siehe man newgrp ).
Rechnerspezifika
Biocluster Weitere Infos zum Biocluster unter:
www.bio.ifi.lmu.de/studium/biocluster
HOME Das home ~<login> auf dem Biocluster ist mit dem im
CIP-Pool unter identisch.
Gruppen-HOME Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet
/home/proj/biocluster/praktikum/bioprakt/progpraktx/ .
Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus
0,...,9) lautet bpw11_x .
newgrp (siehe man newgrp ).
Solution<x> im
Gruppenhome müssen der eigenen Praktikims-Gruppe bpw11_x
gehören!
Praktikumsverzeichnis Das Praktikumsverzeichnis lautet
/home/proj/biocluster/praktikum/bioprakt sowohl auf dem Biocluster
als auch im CIP-Pool.
Bioinformatik-Software Spezielle Bioinformatik-Software für das Praktikum liegt unter
/home/proj/biosoft/software/
Bioinformatik-Daten Spezielle Bioinformatik-Daten für das Praktikum liegt unter
/home/proj/biocluster/praktikum/bioprakt/Data
CGI-Server: Auf dem Biocluster ist bioclient1 als CGI-Server eingerichtet.
~<login>/public_html abgelegt
werden und Rechte 755 besitzen. Die Logfiles sind unter
/var/log/apache2/ verfügbar.
MySQL-Datenbanken: Auf mysql2-ext.bio.ifi.lmu.de liegt eine MySQL-Datenbank. Jede
Gruppe bekommt für diese einen eigenen login mit Passwort
zugeteilt.
Literatur
Allgemeine Dokumentation
CIP-Pool des Instituts
für Informatik der LMUs
Unix
Tutorial 1 Tutorial 2
Java
java.sun.com BoKu Wien Java Schulung
Perl
Perldoc Tutorial
Reference Cards + Cheat Sheets
refcards 2011, zip-archive
HTML
selfhtml W3C HTML resources
HTTP
W3C HTTP resources
Databases: MySQL
Manual )SQL Tutorial
Tools
gnuplot Not so FAQ - gnuplot Rasmol Manual Chimera Manual HMMer Manual make CVS
Paper/Original Literature
Prediction of secondary
structure of proteins - Chou, Fasman GOR method for predicting
secondary structure from amino acid sequence - Garnier, Gibrat,
Robson GOR V - method: extension of
GOR to multiple alignments - Kloczkowski, Ting, Jernigan,
Garnier A model of evolutionary change
in proteins - Dayhoff, Schwartz, Orcutt A general method applicable to
the search for similarities in the amino acid sequences of two
proteins - Needlman, Wunsch An improved algorithm for
matching biological sequences - Gotoh Identification of common
molecular subsequences - Smith, Waterman Contemporary approaches to
protein structure classification - Swindells, Orengo, Jones,
Hutchinson, Thornton A modified definition of SOV,
a segment based measure for protein secondary structure prediction
assessment - Zemla, Venclovas, Fidelis, Rost Improved profile-profile
alignment via log average scoring - vonÖhsen, Zimmer Fast protein fold recongnition
via sequence to structure alignment and contact capacity potentials
- Alexandrov, Nussinov, Zimmer How to fold graciously -
Levinthal Calculation of conformational
ensembles from potentials of mean force - Sippl New scoring schemes for
protein fold recognition based on Voronoi contacs - Zimmer,
Wöhler, Thiele Protein Secondary Structure
Prediction Based on Position-Specific Scoring Functions -
Jones On Alignment Shift and Its
Measures - Cline, Karplus
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